Дано: многосайтовость на разных доменах (2й способ), разные шаблоны для сайтов.
Проблема: периодически показывается контент нужного сайта в шаблоне другого. Преимущественно при первом заходе.
Решение: выключить html-кэширование. Периодически владельцы сайтов сами его включают, думая что так будет лучше.
В документации я так понял они эту проблему и имели в виду.
при включенном HTML кешировании должна быть настроена серверная переменная BX_PERSONAL_ROOT, иначе ко второму сайту будет «примешиваться» кеш страниц первого сайта.
http://dev.1c-bitrix.ru/learning/course/index.php?COURSE_ID=7&LESSON_ID=287